国指定の重要文化財です。建造形式は、桁行三間、梁行三間、一重、寄棟造、本瓦葺。 もとは佛起山（ぶっきざん）普賢寺（ふげんじ）と言われていましたが、明治の廃仏毀釈により普賢寺が廃絶することとなり、正蓮寺（しょうれんじ）に管理が引き継がれました。 大日堂（だいにちどう）は、文明十年(1478年)の上棟札があり、完成したのは文明十七年ですが、康正二年(1456年)から文明十七年（1485年）の墨書なども発見されており、完成までの間約30年の歳月が要していたと考えられています。これは、おそらく応仁の乱の動乱期の影響とも思われます。室町時代の小規模な仏堂としてはとても貴重です。 本尊の大日如来坐像は、鎌倉時代の作とされ、国の重要文化財に指定されています。