畝傍山の東麓に位置する古寺で、現在は国源寺が法燈を伝えています。大窪寺は、天武天皇朱鳥元年（686年）八月条の寄進記事にその名がみえているので、天武期の創建であることが窺えます。伽藍配置は明らかではありませんが、塔心礎と伝えられる礎石の位置などから、国源寺本堂のあたりが金堂であった可能性があります。平成二年に本堂の南側、心礎が鎮座している敷地内で集会所の建て替えに伴い発掘調査を実施しています。その結果、心礎の南側に大きな土坑と、その周辺に掘立柱建物の柱穴が多数見つかりました。土坑を中心として柱穴が並んでいますが、土坑とは異なる時期の大窪寺、あるいは藤原京に関係する建物と考えられます。出土した軒瓦には、単弁有子葉蓮華文軒丸瓦、重弧文軒平瓦がみられます。江戸時代末期に書かれた「卯花日記」（うのはなにっき）という日記にもたくさんの礎石が残っていたことが伝えられています。