県下の鉄道は明治23年に奈良～大阪間が開通し、明治26年に王寺～桜井間が通じました。 天皇家の畝傍御陵参拝のためにつくられました。 当時、畝傍駅の近辺は賑やかになり、井戸ノ辻から西に町役場、警察署、銀行、旅館が立ち並びました。明治32年の年間乗降客は、約19万人の利用があったということです。 現在の駅舎は、昭和15年の橿原神宮紀元2600年祭式典にあわせて造られました。 貴賓室も備えていますが、現在は貴賓室の公開はしておりません。